A Comissão de Pesquisa (CP-FJS) é um órgão da Fundação José Silveira (FJS) que tem como função principal apreciar projetos de pesquisa em perspectiva para serem implementados na instituição. Nesta apreciação, instrui o investigador sobre as normas da FJS, sendo, inclusive, a sua atribuição solicitar anexação de documentos de anuência das instituições envolvidas e compromissos para com a FJS, além disso, a CP-FJS pode dar sugestões ao investigador para a melhoria metodológica da investigação. Além, desta sua função de auxílio ao investigador, a comissão tem como outras funções a de estimular (1) a inovação na FJS e (2) a colaboração entre investigadores e (3) a integração multidisciplinar das pesquisas em andamento na FJS.