A boa relação da FJS com a capital paulista teve início em 2003, após a assinatura do Termo de Cooperação Técnica com a Associação de Assistência à Criança Deficiente (AACD), visando promover o intercâmbio científico com o Instituto Bahiano de Reabilitação (IBR), unidade da Fundação.

Reconhecida internacionalmente pelo tratamento da tuberculose, a FJS iniciou em 2011 a Cooperação Técnica com o município de São Paulo, através da Secretaria Municipal de Saúde, para apoio ao Programa de Controle de Tuberculose.

O sucesso em solo paulista ampliou a visibilidade da Fundação, que foi convidada a atuar conjuntamente com a Secretaria de Saúde do Município de São Paulo e a Universidade de São Paulo na produção científica do Projeto de Pesquisa denominado “Tratamento da Tuberculose no Município de São Paulo”.